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机构设置
机关党政管理部门
| 党委办公室、校长办公室 | 党委组织部(党校) | 党委宣传部(统战部)、精神文明办公室 |
| 党委学生工作部(学生工作处、武装部) | 纪委办公室(监察审计办公室) | 人事处 |
| 教务处 | 科技处 | 医院管理处 (国有资产经营有限公司) |
| 研究生处 (学科建设办公室) | 国际交流与合作处 (港澳台事务办公室) | 计划财务处 |
| 设备与实验室管理处 | 保卫处(保卫部) | 离退休工作处 (老干部办公室) |
| 后勤保障处(劳动服务公司) | 基建处 |
群团组织
| 工会(妇委会) | 团委 |
教学组织单位
| 基础医学院 | 第一临床学院 | 药学院 | 针灸推拿学院 | 护理学院 |
| 人文管理学院 | 思想政治理论课教学科研部 | 体育教学部 |
教学管理单位
| 研究生学院 | 国际教育学院 | 继续教育学院 | 中专部 |
教学辅助单位
| 图书馆 | 档案馆(中医药博物馆) | 现代教育技术中心 |
科研单位
| 吉林中医药编辑部 | 中医药与生物工程研究开发中心(吉林省人参科学研究院) |
附属单位
| 第一附属医院(吉林省中医院) |